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现代高密度集约化养殖中常会使用渔用药物和环境改良剂，用以预防和治疗水产动植物病害，清除敌害生物，改善水体环境，促进养殖品种健康生长。这类投入品主要起到维持水体环境相对稳定的作用，是水产养殖过程中不可缺少的技术手段。常用的渔药有用于防治病害的清塘除杂剂、消毒杀菌剂；控制水生植物的杀藻剂、除草剂；控制有害生物的杀虫剂、杀螺剂；提高机体免疫力的疫苗；以及改良水质环境的增氧剂、底质改良剂等。
大部分药物的主要成分是化学制剂，包括抗生素、氧化剂、络合剂、表面活性剂和吸附剂等。正确合理地使用渔药和环境改良剂通常不会对养殖环境和水生生物造成危害，但由于缺乏相关知识，使用和管理的不完善，在养殖过程中普遍存在滥用化学药品和抗生素的现象。
有研究表明投加的抗生素仅有20%～30%会被养殖鱼类吸收，剩余大部分都进入了水体环境中。且抗生素具有累积效应，养殖时间越长，水体中抗生素的总量越高。除草剂、杀虫剂等投入品在水体中的半衰期都较长，过度使用势必会污染水环境，并危害栖息其中的生物体，破坏生态平衡，对养殖水体产生危害。
想要有效解决水产环境中的污染，还需建立一套完善的管理体制。政府应明确指出生态水环境的重要性，加强养殖者对其保护，各个部门应协调合作，从根本上对水质环境及水产养殖提供更好的保障。想要生产高质量的水产品，就需要有良好的水质作为保障，因此要做好水质的净化工作。针对水产环境进行合理科学的规划，同时对水产环境的相关功能进行分类，来保证养殖者在管理时不仅能够提高效益，同时减少不必要的污染，同时不定期对水环境进行检测，确保水环境的质量，以此来提供良好的水产养殖环境。
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