生物表面活性剂与化学表面活性剂相比，具有生物可降解性、低毒性和通过微生物发酵生产简单等优点，在赤潮治理中具有广泛的应用前景。在铜绿假单胞菌培养时产生的鼠李糖脂类生物表面活性剂，具有较强的抑菌活性。在1.0-3. 0mg/L浓度下，对延滞期东海原甲藻的生长有明显抑制作用。对处于指数期藻细胞期间，当加入鼠李糖脂的浓度为15.0，20.0mg/L

2.25h后显微镜下观察时，已经有碎藻出现。5.25h后绝大多数藻细胞已破碎，未破碎的藻细胞也均变为圆球形或仅剩下空腔。10.25h后已经观察不到藻细胞。 

当鼠李糖脂浓度分别增大到4mg/L、7mg/L、10mg/L时，可以完全抑制锥状斯式藻、塔玛亚历山大藻和微小原甲藻的生长，对海洋原甲藻的抑制作用较弱。在浓度为5mg/L时，对锥状斯式藻、塔玛亚历山大藻、海洋原甲藻和微小原甲藻的生长抑制率在9d 之内分别为81.14％、48.64％、4.95％和88.0％。对不同甲藻生长抑制作用依次为东海原甲藻 >锥状斯式藻，微小原甲藻 >塔玛亚历山大藻 >海洋原甲藻 >裸甲藻。

烷基糖苷表面活性剂（APG）可利用植物资源为原料合成，有广谱的抗菌活性，且具生物降解迅速、完全、对环境无污染等优点。APG的浓度高于2.5mg/L时，对具齿原甲藻的生长有明显抑制作用，增大达10.5 mg/L时，对该藻细胞具有较强的灭杀功能。 当浓度高于5.0 mg/L时，对赤潮异湾藻细胞的生长也表现出了明显的抑制作用，如浓度高于20.0mg/L，可以有效的灭杀赤潮异湾藻细胞，对藻细胞的破坏表现为不可恢复型破坏。

扇贝具有较强的滤水能力，规模化养殖会使养殖区的浮游植物生物量下降、种类组成改变、有机质和营养盐的截留和再循环，从而影响生物地球化学循环等。在养殖区外甲藻为优势种， 而养殖区内甲藻的优势地位被硅藻所取代，并且甲藻细胞密度全年均低于对照点，最低时仅为对照点的1/15，其结果与美国南卡罗莱纳州有大量牡蛎的海湾中，浮游植物群落中甲藻丰度显著降低的研究结果相似。这是由于甲藻为单个细胞易被摄取，可能导致扇贝对甲藻的摄食压力较强。

此外，甲藻细胞脂肪酸的含量高于硅藻细胞，而脂肪含量高的饵料对扇贝的摄食率有促进作用，可能导致扇贝对甲藻有更强的摄食选择性。