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由于有机污染物的疏水性、以及污染物可能会被强烈吸附在土壤颗粒表面或进入土壤孔隙，使水溶液中污染物浓度降低，造成微生物和污染物的隔离。由于微生物不能利用极低浓度的污染物，导致污染物的微生物降解停止或减缓。因此，生物修复中降解有机污染物的决定性的影响因素是污染物的低水溶性，这使其生物可利用性受到限制。
表面活性剂是含有亲水基和憎水基的一种物质。表面活性剂是指具有固定的亲水亲油基团，在溶液的表面能定向排列，并能使表面张力显著下降的物质。乳化剂只是表面活性剂的一种，或者可以说是一种性能，乳化剂也可以做为渗透剂来用。
表面活性物质也应用于大麦和肉制品中，它们能影响面粉的流变特性，乳化部分破碎的脂肪组织；一种由产朊假丝酵母（Candida utilis）产生的新的生物乳化剂在色拉调味上有潜在的应用价值。Busscher等发现牛乳嗜热链球菌产生的表面活性剂可阻止产异味的嗜热链球菌增殖，因而可用于巴氏灭菌器热交换板中异味的控制；蔗糖酯可应用于冷冻饮料、七克力、糖果、糕点、面包、蛋糕等中。
生物表面活性剂符合功能性食品和绿色食品添加剂的要求，可应用在功能性食品中，在人类崇尚健康至上的今天乃至将来，必将成为一种广泛应用的食品添加剂。
用生物表面活性剂修复被烃类和原油污染的土壤是一种新技术。如用绿脓假单孢菌产生的鼠李清除了阿拉斯加砂砾层的大量的油。VanDyke等发现，从污染的砂土和泥浆中，用绿脓假单孢菌产生的鼠李糖脂可使烃类的回收率分别提高25%~70%和40%~80%。相似的，用绿脓假单孢菌产生的生物表面活性剂处理砂土，可分别使脂肪旋烃类和芳香族烃类的回收率达56%和73%。
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